传染病所培养研究生从1978年开始，已有34年的历史。具有病原生物学专、流行病与卫统计学两个专业的研究生培养和接收博士后人员的资质。现有导师19名，其中博士生导师7人（工程院院士1人），硕士生导师12人。

　　1978年招生以来，共招生529名研究生，其中博士116名，硕士367名，在职MPH 31名，全日制MPH 15名；共授予博士学位87名，硕士学位349名。

　　1995年开始，招收进站博士后14名，其中病原生物学专业13名，流行病与卫生统计学专业1名（非洲籍博后）。

　　二、病原生物学学科被列为北京市重点学科

　　2008年4月批准中国疾病预防控制中心病原生物学学科为北京市重点学科。北京市投入100万元用于支持我中心病原生物学重点学科建设。在中中国疾病预防控制中心的领导下，我所负责该学科的日常业务管理工作，与病毒病所、寄生虫病所和性艾中心共同开展本学科建设工作。

　　三、研究生学位论文获奖情况

　　中国疾控中心优秀博士学位论文奖

　　一等奖3项

　　李伟的博士论文《霍乱弧菌噬菌体VP3功能基因组学研究及脑膜炎奈瑟氏菌新克隆群的鉴定》获得2006年优秀博士学位论文一等奖。

　　邵祝军的博士论文《ST-4821序列群C群脑膜炎奈瑟菌的发现和中国脑膜炎奈瑟菌菌株种群遗传学分析》获得2007年优秀博士学位论文一等奖。

　　刘小波的博士论文《河南省永城市中华按蚊生态习性及飞行距离研究》获得2012年优秀博士学位论文一等奖。

　　二等奖2项

　　徐潇的博士论文《霍乱弧菌ToxR调控单元中毒力基因的调控机制研究》获得2010年优秀博士论文二等奖。

　　    郑霄的论文《基于芯片的猪链球菌比较基因组学研究获得2011

　　年优秀博士论文二等奖

　　三等奖4项

　　郑翰的博士学位论文《分析ST1型与ST7型猪链球菌在临床与实验室方面的差异》获得2008年中国疾控中心优秀博士学位论文三等奖。

　　白莉的博士论文《弗劳氏枸橼酸杆菌分子分型和毒力岛分析》获得2009年优秀博士论文三等奖。

　　董海燕的博士论文《中国13省市结核分枝杆菌基因多态性分析》获得2011年优秀博士学位论文三等奖。

　　蒋毅的博士论文《结核分枝杆菌T细胞抗原表位编码基因多态性分析及4个VNTR位点的筛选与评估》获得2012年优秀博士学位论文三等奖。

　　北京市优秀博士学位论文奖

　　邵祝军的博士论文《ST-4821序列群C群脑膜炎奈瑟菌的发现和中国脑膜炎奈瑟菌菌株种群遗传学分析》获得2009年北京市优秀博士学位论文。